NOAH hizo su debut con dos eventos completamente agotados el 5 y 6 de agosto de 2000 en el Tokyo Differ Ariake, su base de operaciones. Con casi todos los luchadores de AJPW, el apoyo de Nippon TV y de varios funcionarios, NOAH prácticamente asumió la posición de AJPWen el gusto de los aficionados. Además de la calidad habitual de las luchas de AJPW, Misawa agregó algunas innovaciones que no fueron posibles por las desiciones de Motoko Baba: se creó una división junior que rápidamente se posicionó entre las mejores del mundo. También se implementaron elementos decorativos dando mayor vistosidad a las funciones, efectos de luces, sonido y humo.
Entre 2004 y 2005, NOAH logró su consolidación y fue señalada como la empresa más moderna de Japón.
2009 fue un año que marcó a NOAH, con la muerte de Misawa en el mes de junio, luego de un accidente en el ring. Vino entonces la época más difícil de la empresa, poniendo en riesgo su continuidad. NOAH perdió su espacio televisivo semanal en Nippon TV; Mitsuo Momota (hijo de Rikidozan) renunció a su cargo en la mesa directiva y esto ocasionó una disputa entre dos bandos. Uno de ellos proponía un recorte salarial y rescisión de contratos a los luchadores; el otro bando, comandado por Kenta Kobashi, proponía lealtad a NOAH y seguir trabajando hasta salir adelante. En enero de 2010 algunos luchadores como Tamon Honda y Tsuyoshi Kikuchi, no tuvieron extensión de contrato. Otros, como Junji Izumida, Kishin Kawabata, Makoto Hashi y el árbitro Mighty Inoue fueron despedidos.
Posteriormente, Akira Taue asumió el cargo de presidente. Naomichi Marufuji lo apoyó como vicepresidente. Takashi Sugiura fue nominado representante del sindicato de luchadores, y Takeshi Morishima formó parte de la junta directiva junto con los antes mencionados.
NOAH enfrentó grandes problemas económicos de 2009 a 2012, pero gracias a un plan de ahorro, un calendario de giras más reducido y consolidación de estrellas de experiencia parecía que la empresa se reponía.
En enero de 2012 se supo que algunos luchadores de NOAH estaban patrocinados por una persona cercana a la yakuza y que esta persona estaba involucrada en tratos financieros con la viuda de Misawa. La crisis estalló alimentada por la divulgación de un libro de Junji Izumida. Sumado a lo anterior, a finales de ese difícil año se dieron los rumores de que el contrato de Kenta Kobashi terminaría porque no era posible pagarle, conforme a su estatus de estrella. Kobashi se encontraba lesionado, y esa decisión lo dejaba en franca desventaja. Tras una serie de encuentros, el presidente Taue y Kobashi acordaron que Kobashi se retiraría voluntariamente. Pero el daño estaba hecho: Jun Akiyama, Go Shiozaki, Kotaro Suzuki, Atsushi Aoki y Yoshinobu Kanemaru, enojados por la forma en que procedieron los directivos, anunciaron que no extenderían sus contratos, que expiraban en diciembre de 2012, y dejaron la empresa para ir a AJPW.
En abril de 2015, la estrella Takeshi Morishima fue obligado a retirarse por problemas de salud. A finales de ese años, se incorporó a la empresa Katsuhiko Nakajima.
Shiozaki regresó en 2016 y Kanemaru lo hizo como independiente. En ese año, NOAH logró una estrecha colaboración con NJPW, que incluyó un amplio intercambio de talentos (Minoru Suzuki, Toru Yano, Lance Archer, Davey Boy Smith Jr., Shelton Benjamin, Takashi Iizuka y Taichi) y teniendo a Jado (de NJPW) como booker de NOAH.
El noviembre de 2016, NOAH fue vendida a la empresa de desarrollo tecnológico Estbee, Co, Ltd. y el expresidente de AJPW, Masayuki Uchida fue nombrado nuevo presidente. En diciembre de ese año, NOAH se mudó del Differ Ariake al distrito de Kanda-Misakicho. La empresa cerró el año con la conclusión de la relación laboral con NJPW, lo que redujo la asistencia en sus eventos.
En febrero de 2017, NOAH comenzó una alianza con TNA que duró hasta julio cuando se reemplazó con una asociación con Global Force Wrestling (GFW).
El 1 de febrero de 2019, NOAH fue adquirida por LIDET Entertainment, en consecuencia, NOAH sufrió el cambio de su tradicional logotipo y reemplazó el verde esmeralda por el color blanco. Para julio de ese año se consolidó un acuerdo de trabajo con MLW y en noviembre un acuerdo de intercambio con la mexicana IWGR.
NOAH empezó 2020 con la noticia de que fue adquirida por CyberAgent, empresa matriz de DDT Pro-Wrestling. Sanshiro Takagi, fue nombrado presidente y Naomichi Marufuji, continuó en la vicepresidencia. Además los eventos de la empresa comenzaron a transmitirse en el servicio de stream de DDT, Wrestle Universe.
